Manga Kimi wa 008 yang dibuat oleh komikus bernama MATSUENA Syun ini bercerita tentang Akashi Eito telah gagal total di semua ujian penerimaan sekolah menengah tetapi entah bagaimana, ia menerima surat penerimaan dari sekolah yang ia tidak ingat melamarnya. Namun ia dengan senang hati mendaftar, berharap untuk menjalani kehidupan sekolah yang ideal, tetapi aspirasinya dengan cepat hancur ketika ia menemukan bahwa sekolah misterius ini adalah lembaga pelatihan untuk agen rahasia! Segera, Eito ingin kembali ke rumah dan menjalani kehidupan normal dengan keluarga normalnya, sampai direktur sekolah membuat wahyu yang mengejutkan: ayah almarhum Eito juga merupakan agen rahasia! Dia kemudian ingin tahu lebih banyak tentang masa lalu dan ingatan ayahnya, jadi dia memutuskan untuk tetap di sekolah ini. Namun, sebagai siswa di lembaga ini, Eito harus menghadapi ujian mematikan yang dilakukan untuk menguji keterampilan semua siswa baru …